يتألف المركز من الوحدات الآتية:
1-الوحدة الإدارية
تتركز مهامها في متابعة وإدارة المركز وأرشفة الكتب الصادرة والواردة إلكترونياً وورقياً وإعداد الإحصائيات الخاصة بعمل المركز.
2-وحدة التحول الرقمي التعليمي
تتركز مهمتها في إيجاد التقنيات الحديثة في مجال التعليم الرقمي التي تمكن المؤسسة التعليمية وكوادرها من تطبيق معايير التعليم العالي العالمية المعتمدة وتعزيزها من حيث مراقبة المعرفة والكفاءة التي يكتسبها الطالب وكيفية توحيد تفكير الطالب في البحث والتطوير والإبداع ومراقبة فعالية المحتوى التعليمي. وقد تم اعتماد منصة Moodle منذ عام 2013، وفي فترة الجائحة تم الاعتماد على منصة Google Classroom المجانية، وفي مطلع عام 2022 بدأ العمل تدريجياً بمنصة جامعة بابل للتعليم الإلكتروني التي صُممت وبرمجت من قبل كوادر مركز الحاسبة في جامعة بابل.
3-وحدة الوسائط الرقمية والمتعددة
تهدف الوحدة إلى توفير الوسائط الرقمية والمتعددة المساندة للمحتوى التعليمي، حيث تم توفير مكتبة فيديوية سُجل محتواها في استوديو المركز وبلغ عدد الفيديوهات أكثر من 1500 محاضرة فيديوية لأساتذة الجامعة من مختلف الكليات والتخصصات.
4-وحدة التدريب والمتابعة
تهدف الوحدة إلى تدريب الكوادر التدريسية والطلبة على البرمجيات والتقنيات في مجال التعليم الإلكتروني وسبل إدخال التكنولوجيا في محتواهم التعليمي، إضافةً إلى متابعة سير الامتحانات الإلكترونية والمحاضرات الإلكترونية وإعداد تقارير الإنجاز، وإدارة منصات المؤتمرات والندوات التي تعقدها الجامعة افتراضياً.